Кафедра церковной истории Екатеринодарской духовной семинарии была учреждена с момента основания учебного заведения в 2006-ом году. Заведующим КЦИ до 2009-го года являлся протоиерей Илья Быстров. С 2009-го по 2019-ый год кафедру возглавлял иерей Максим Ханов. В 2019-ом году заведующим был назначен протоиерей Михаил Литвинко, ныне ректор Екатеринодарской духовной семинарии. С ноября 2020 года исполняющим обязанности заведующего кафедрой назначен иерей Максим Топоров.
Силами сотрудников кафедры осуществляется преподавание 13 дисциплин по различным направлениям. Кафедра обеспечивает осуществление основных образовательных программ высшего образования по направлению «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций». За КЦИ закреплен Церковно-исторический кабинет ЕДС. На базе кафедры осуществляется научная работа, сотрудничество с музейными специалистами, а также работа в архивах.
Кафедра обеспечивает руководство научными работами студентов семинарии.
Силами преподавателей кафедры проводятся конференции в ЕДС и подготовка студентов к участию в конференциях других семинарий и ВУЗов.
Также, преподаватели кафедры ведут разработку и издание учебно-методических материалов по соответствующим дисциплинам.
Кафедра осуществляет экспертную работу по запросам правящего архиерея.