История кафедры богословия Екатеринодарской духовной семинарии восходит к 2006 году. Тогда она носила наименование библейско-богословской кафедры. Заведующим кафедрой со времени ее основания и до 3 ноября 2020 года являлся протоиерей Кирилл Коршунов, кандидат богословия. 3 ноября 2020 года Библейско-богословская кафедра реорганизована, исполняющим обязанности заведующего Кафедрой богословия назначен иерей Евгений Мельников, магистр богословия.
Особенность кафедры богословия заключается в том, что она объединяет специалистов преимущественно по богословским и философским наукам: догматическому богословию, основному богословию, нравственному богословию, пастырскому богословию, философии и др. Силами кафедры осуществляется преподавание 14 дисциплин. Кафедра обеспечивает осуществление основных образовательных программ высшего образования по направлению «Подготовка служителей и религиозного персонала религиозных организаций». За кафедрой богословия закреплена деятельность по изданию научного журнала ХРИЗОСТОМ.
Кафедра обеспечивает руководство научными работами студентов семинарии.
Раз в два года силами кафедры проводится научная конференция специалистов и студентов по направлению церковно-богословских дисциплин.
Также, преподаватели кафедры ведут разработку и издание учебно-методических материалов по соответствующим дисциплинам.
Кафедра осуществляет экспертную работу по запросам епархиального управления.